1. Pengguna jasa mengajukan permohonan pemeriksaan karantina (SP-1) atau lembar aju secara online atau manual beserta dokumen kelengkapannya (dokumen asli) dan dimasukkan ke dalam map (impor : merah, pemasukan domestik : hijau) ditujukan kepada Kepala Balai melalui petugas penerimaan dokumen (pendok);
2. Petugas menyerahkan SP-1 beserta dokumen kelengkapannya kepada Pejabat yang ditunjuk;
3. Pejabat yang ditunjuk menerbitkan Surat Tugas (DP-1);
4. Pejabat yang ditunjuk menyerahkan surat tugas (DP-1) kepada Pejabat Fungsional Pengendali Organisme Penggangu Tumbuhan (POPT) untuk melakukan pemeriksaan administratif (Kelengkapan, Kebenaran isi dan keabsahan dokumen Persyaratan) dan melakukan pemeriksaan kesehatan;
5. Pejabat fungsional POPT setelah selesai melaksanakan Pemeriksaan Administratif dan menerbitkan Laporan Hasil Pemeriksaan Administratif (DP-2) dan melaporkan Pejabat yang ditunjuk;
6. Berdasarkan Rekomendasi pada DP-2, pejabat yang ditunjuk menerbitkan Surat Persetujuan Pelaksanaan Tindakan Karantina Tumbuhan (KT-2);
7. Pejabat fungsional POPT melaksanakan tindakan karantina berdasarkan surat tugas (DP-1);
8. Pejabat fungsional POPT melakukan Pemeriksaan Kesehatan terhadap MP-OPT/OPTK di Lapang dan jika diperlukan dapat dilanjutkan di Laboratorium serta menerbitkan Laporan Hasil pelaksanaan/Pengawasan Pemeriksaan Fisik/ Kesehatan (DP-5);
9. Pejabat fungsional menyampaikan hasil tindakan karantina kepada kepala atau Pejabat yang ditunjuk;
10. Pejabat yang ditunjuk menerima laporan hasil tindakan karantina dan disposisi untuk dilakukan tindakan karantina selanjutnya;
11. Berdasarkan rekomendasi pada DP-5 Pejabat Fungsioal Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan (POPT) menerbitkan Sertifikat Pelepasan Karantina Tumbuhan/Keamanan PSAT (KT-9), dan menyerahkan kepada seksi pelayanan operasional;
12. Berdasarkan sertifikat KT-9 bendahara penerima menerbitakan kuitansi sebagai bukti pengguna jasa membayar Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) dalam proses pengambilan Sertifikat Pelepasan Karantina Tumbuhan/Keamanan PSAT (KT-9);
13. Petugas pelayanan menyerahkan sertifikat Pelepasan karantina (KT-9) kepada pengguna jasa setelah pengguna jasa menunjukan bukti pembayaran PNBP.

1. Pengguna jasa mengajukan permohonan pemeriksaan karantina (SP-1) atau lembar aju secara online atau manual beserta dokumen kelengkapannya (dokumen asli) dan dimasukkan ke dalam map (ekspor : kuning, pengeluaran domestik: biru) ditujukan kepada Kepala Balai atau pejabat yang ditunjuk melalui petugas penerimaan dokumen (pendok);
2. Petugas pendok menyerahkan SP-1 beserta dokumen kelengkapannya kepada Pejabat yang ditunjuk;
3. Pejabat yang ditunjuk menerbitkan Surat Tugas (DP-1);
4. Pejabat yang ditunjuk menyerahkan surat tugas ( DP-1) kepada Pejabat Fungsional Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan ( POPT ) untuk melakukan pemeriksaan administrative ( Kelengkapan, Kebenaran isi dan keabsahan dokumen persyaratan )
5. Pejabat funsional POPT melaksanakan tindakan karantina berdasarkan surat tugas ( DP-1 )
6. Pejabat fungsional POPT melakukan Pemeriksaan Kesehatan terhadap MP OPT/OPTK di Lapang dan dilanjutkan di laboratorium serta menerbitkan Laporan Hasil Pelaksanaan/Pengawasan Pemeriksaan Fisik/Kesehatan (DP-5)
7. Pejabat fungsional menyampaikan hasil tindakan karantina kepada Pejabat yang ditunjuk.
8. Pejabat yang ditunjuk menerima laporan hasil tindakan karantina dan disposisi untuk dilakukan tindakan karantina selanjutnya
9. Pejabat Fungsional POPT menerbitkan Phytosanitary Certificate ( KT.10 ) atau Sertifikat Karantina Tumbuhan Antar Area ( KT.12 ) dan menyerahkan kepada Seksi Karantina Tumbuhan.
10. Berdasarkan Sertifikat KT-10 / KT-12, bendahara penerima menerbitkan kuitansi sebagai bukti pengguna jasa dalam proses pengambilan sertifikat karantina ( KT-10, KT-12 )
11. Pejabat yang ditunjuk menyerahkan sertifikat Phytosanitary Certificate ( KT-10 ) atau Sertificate Karantina Tumbuhan Antar Area ( KT-12 ) kepada pengguna jasa setelah pengguna jasa menunjukkan bukti pembayaran PNBP.

Prosedur, persyaratan, dan tarif jasa tindakan karantina per media pembawa (komoditi) yang akan dilalulintaskan, dapat dilihat pada halaman ini